万方版和知网作为研究生论文查重的两大常用工具，各有其优势。万方版覆盖全面，包含了大量的中文文献资源，查重准确度较高。而知网则以其海量的外文文献资源著称，对于涉外论文的查重效果更佳。此外，知网的界面更加友好，操作相对简单。但是，万方版在查重速度上更胜一筹，尤其是对于中文文献的查重速度更快。因此，研究生在选择查重工具时，应根据自身的需求和论文特点进行综合考量。

综上所述，研究生在选择万方版和知网作为论文查重工具时，需根据具体情况进行选择。如果论文主要涉及中文文献，且要求准确度较高，可以优先考虑使用万方版进行查重；而若论文内容涉及外文文献较多，或者对查重速度和操作便捷性要求较高，那么知网可能更适合。在实际使用中，也可以根据需要灵活切换两者，以达到更好的查重效果。